Στην περιβαλλοντική χημεία, βιοαποικοδόμηση είναι η αποδόμηση μιας ένωσης (ανεξάρτητα από το αν είναι φυσικής ή συνθετικής προέλευσης) μέσω ενζυματικών διεργασιών, συνήθως με τη δράση μικροοργανισμών όπως βακτήρια και μύκητες. Ένα υλικό που είναι επιρρεπές σε ενζυμική επίθεση ονομάζεται βιοαποικοδομήσιμο, και δεν αφήνει ρύπους στο περιβάλλον.